Protein sequencing lab

GlycoWorkbench was developed by Alessio Ceroni (Division of Molecular Biosciences, Imperial College London, UK) assisted by Kai Maaß (Institute of Biochemistry, Faculty of Medicine, University of Giessen, Germany) as part of the EUROCarbDB project, a Research Infrastructure Design Study Funded by the 6th Research Framework Program of the European Union (Contract: RIDS Contract number 011952). 소프..

POINTS TO CONSIDER PRIOR TO VALIDATION FOR PEPTIDE MAPPING During the development of the peptide mapping procedure, knowledge and experience are gained that lead to selection of system suitability criteria and analytical method validation acceptance criteria. A final review of the procedure prior to validation can ensure that the procedure is ready for validation, reducing risk of failure to mee..

Redox-proteomics 연구에 있어 cysteine 의 modification 의 데이터 해석은 무엇보다 중요합니다.본 문헌은 oxidative cysteine modifications 의 다양한 접근방법을 소개하는 review 문헌이라 소개해드립니다. 관련문헌 링크 : Chasing Cysteine Oxidative Modifications: Proteomic Tools for Characterizing Cysteine Redox-Status - PMC (nih.gov) [ 분석 상담 ] 전화 : (02)866 2980 (직통) 070 8015 4093 이메일 : parkjw@emass.co.kr 홈페이지 : www.emass.co.kr (bioanalysis)

Native protein 발현조건에서 초기 연구를 수행하는 단계에서 단백질의 신호/면역 관련 반응에 따라 반응하는 단백질을 연구하는 학문분야를 proteomics 분석이라고 한다. 또한 재조합 단백질의 경우 단백질 순도를 검증하기 위한 단백질 전기영동을 수행했을 때 의도하지 않게 불순물 단백질(impurity protein)으로 분류되는 unknown protein 이 관찰되기도 한다. 이러한 unknown 단백질을 지정된 단일 또는 소수의 reference sequence 정보에만 국한되지 않고 그 단백질이 유래(origin)를 밝히기 위해 다양한 생물종의 sequence library 검색을 신속하게 peptide fingerprinting / partial MS/MS sequencing 분석 통해..

재조합 단백질 발현 시 의도하거나 의도치 않은 특성 아미노산 위치에서 chemical modification 이 종종 발생할수 있다. 의도한 경우에는 그 단백질 고유의 생물학적 기능을 발휘하는데 필수적인 변동도 있으나 대부분은 의도치 않게 발생하여 단백질의 생물학적 기능을 저해하는 방향으로 발현되기도 한다. 이러한 서열 다양체는 단백질의 구조 분석 항목 중 sequence variation 을 적절히 공정상 관리함으로써 단백질 품질을 유지할수 수 있는 평가 항목에 해당한다. 여기에는 대표적으로 oxidation, pyroglutamate bioconversion, acethylation 등 다양한 아미노산 변형이 있으며 이들은 보통 유전자에서 변형이 유발되어 발현된 조건이 아닌 번역 후 단백질의 성숙과정..

단백질의 특성 분석 내 구조 분석 항목 중 3차 구조를 입증하기 위해서는 단백질의 3차 구조를 결정하는 cysteine 간의 disulfide-bond 결합 위치가 재조합 단백질에서는 특히 중요하다. 그 요인은 원래의 단백질이 native protein 으로 발현되는 세포 및 조직의 조건과 인위적인 조건의 세포주 조건과는 발현 시스템상의 차이에 따른 재현성에 문제가 발생할수 있기 때문이다. 특히 진핵 유전자를 이용하여 재조합 단백질을 생산하는 경우 원핵의 세포주를 활용할때 보다 빈번히 발생한다고 알려져 있고 그렇다고 진핵 세포주 또한 안정적으로 정상의 단백질 발현이 보장되지는 않는다. 따라서, 이 분석을 위해서는 peptide mapping 의 bottom-up 접근을 통해 단백질의 native 조건과 ..

단백질과 같은 고차구조의 생체 고분자의 서열 확인을 위해서는 peptide mapping 분석 접근을 기초로 하여 얻어진 각각의 peptide 에 대한 MS/MS 해석을 통해 peptide 의 서열정보 해석을 진행함으로써 N-term sequence, internal sequence, C-term sequence 영역을 포함하는 logic 한 서열 결과의 입증이 가능합니다. 본 분석의 design 된 재조합 조건으로 발현된 단백질의 서열을 입증을 통해 세포주에서 발현 및 성숙과정에서 일어날 수 있는 서열 변화 유/무를 확인하고 생산된 단백질의 1차 구조적 신뢰성을 평가하는 유효한 분석법입니다. 분석 범위는 유전자가 번역(translation) 후 확인된 전체 아미노산 서열을 reference sequen..

설계된(designed) 단백질을 보통은 재조합 단백질(recombinant protein)이라고 지칭하며 이 단백질의 발현/정제가 완료된 단계 이후는 단백질 특성 분석을 수행하여 각각의 특성에 맞는 항목별 시험분석결과서를 얻게되는 단계가 필수적인다. 이때, formulation 단백질에 대한 구조 분석 항목 중 구성 아미노산에 따른 분자량이 이론적으로 예상되는 분자량과 실제 발현/정제된 단백질의 분자량 측정값의 상동성의 여부 확인을 통해 단백질의 제형이 맞게 생산되었는지를 입증하는 시험법으로 알려져있다. 대부분 의약품 단백질의 경우 glycoprotein 이 높은 비율로 차지하고 이들 단백질에 대한 분자량 확인은 보통 glycoprotein 형태일때의 분자량과 glycan 을 제거후 순수 아미노산으로 ..

단백질 서열 분석의 용어 개념 설명 단백질 구조 분석 중 서열 분석에 있어 여러 용어적인 관점에서의 정확한 정의가 필요하여 본 글을 게시합니다. 서열 분석 방법적인 측면과 목적에 따라 정확하게 이해하고 접근 시 가이드가 될 수 있으니 참조 부탁드립니다. [Protein : De Novo Sequencing] Reference 유전자에 대한 정보가 전혀 없이 추가적으로 번역(translation)된 아미노산 서열정보가 없는 조건의 시료 단백질 중 서열분석의 target 단백질에 대한 서열을 부분 또는 전체를 규명해가는 서열분석을 의미합니다. Top-down 접근 방법: Edman degradation method 를 이용하여 intact 한 조건의 단백질이나 펩티드에 대한 N말단 첫 번째 위치한 아미노산부..

본 문헌은 animal glue 의 소재로서 collagen rich protein 특성을 이용하여 species typing 의 identification 에 응용할 수 있는 LC-MS 분석법을 소개하는 분석법 응용 문헌을 소개하고자 한다. 관련문헌링크 : A novel LC–MS method using collagen marker peptides for species identification of glue applicable to samples with multiple animal origins | Heritage Science | Full Text (springeropen.com) ​ [ 분석 상담 ] 전화 : (02)866 2980 (직통) 070 8015 4093 이메일 : parkjw@ema..