단백질의 특성 분석 내 구조 분석 항목 중 3차 구조를 입증하기 위해서는 단백질의 3차 구조를 결정하는 cysteine 간의 disulfide-bond 결합 위치가 재조합 단백질에서는 특히 중요하다. 그 요인은 원래의 단백질이 native protein 으로 발현되는 세포 및 조직의 조건과 인위적인 조건의 세포주 조건과는 발현 시스템상의 차이에 따른 재현성에 문제가 발생할수 있기 때문이다. 특히 진핵 유전자를 이용하여 재조합 단백질을 생산하는 경우 원핵의 세포주를 활용할때 보다 빈번히 발생한다고 알려져 있고 그렇다고 진핵 세포주 또한 안정적으로 정상의 단백질 발현이 보장되지는 않는다.
따라서, 이 분석을 위해서는 peptide mapping 의 bottom-up 접근을 통해 단백질의 native 조건과 reduced 조건에서 수행한 결과의 비교 분석을 통해 cysteine 을 포함한 peptide 간 disulfide-bond 의 공유결합으로 연결된 peptide 의 sequencing 해석을 통해 알아낼수 있다.
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