Protein sequencing lab

Native protein 발현조건에서 초기 연구를 수행하는 단계에서 단백질의 신호/면역 관련 반응에 따라 반응하는 단백질을 연구하는 학문분야를 proteomics 분석이라고 한다. 또한 재조합 단백질의 경우 단백질 순도를 검증하기 위한 단백질 전기영동을 수행했을 때 의도하지 않게 불순물 단백질(impurity protein)으로 분류되는 unknown protein 이 관찰되기도 한다. 이러한 unknown 단백질을 지정된 단일 또는 소수의 reference sequence 정보에만 국한되지 않고 그 단백질이 유래(origin)를 밝히기 위해 다양한 생물종의 sequence library 검색을 신속하게 peptide fingerprinting / partial MS/MS sequencing 분석 통해..

재조합 단백질 발현 시 의도하거나 의도치 않은 특성 아미노산 위치에서 chemical modification 이 종종 발생할수 있다. 의도한 경우에는 그 단백질 고유의 생물학적 기능을 발휘하는데 필수적인 변동도 있으나 대부분은 의도치 않게 발생하여 단백질의 생물학적 기능을 저해하는 방향으로 발현되기도 한다. 이러한 서열 다양체는 단백질의 구조 분석 항목 중 sequence variation 을 적절히 공정상 관리함으로써 단백질 품질을 유지할수 수 있는 평가 항목에 해당한다. 여기에는 대표적으로 oxidation, pyroglutamate bioconversion, acethylation 등 다양한 아미노산 변형이 있으며 이들은 보통 유전자에서 변형이 유발되어 발현된 조건이 아닌 번역 후 단백질의 성숙과정..

단백질의 특성 분석 내 구조 분석 항목 중 3차 구조를 입증하기 위해서는 단백질의 3차 구조를 결정하는 cysteine 간의 disulfide-bond 결합 위치가 재조합 단백질에서는 특히 중요하다. 그 요인은 원래의 단백질이 native protein 으로 발현되는 세포 및 조직의 조건과 인위적인 조건의 세포주 조건과는 발현 시스템상의 차이에 따른 재현성에 문제가 발생할수 있기 때문이다. 특히 진핵 유전자를 이용하여 재조합 단백질을 생산하는 경우 원핵의 세포주를 활용할때 보다 빈번히 발생한다고 알려져 있고 그렇다고 진핵 세포주 또한 안정적으로 정상의 단백질 발현이 보장되지는 않는다. 따라서, 이 분석을 위해서는 peptide mapping 의 bottom-up 접근을 통해 단백질의 native 조건과 ..

단백질과 같은 고차구조의 생체 고분자의 서열 확인을 위해서는 peptide mapping 분석 접근을 기초로 하여 얻어진 각각의 peptide 에 대한 MS/MS 해석을 통해 peptide 의 서열정보 해석을 진행함으로써 N-term sequence, internal sequence, C-term sequence 영역을 포함하는 logic 한 서열 결과의 입증이 가능합니다. 본 분석의 design 된 재조합 조건으로 발현된 단백질의 서열을 입증을 통해 세포주에서 발현 및 성숙과정에서 일어날 수 있는 서열 변화 유/무를 확인하고 생산된 단백질의 1차 구조적 신뢰성을 평가하는 유효한 분석법입니다. 분석 범위는 유전자가 번역(translation) 후 확인된 전체 아미노산 서열을 reference sequen..

본 문헌은 재조합 단백질 생산에 있어 engineering 적으로 Met 을 제거하기 위해 사용되는 methionine aminopeptidase 에 대한 기능성 특성을 소개하는 문헌으로 native 한 조건에서도 Met-Xaa 에서 특성 아미노산이 위치하는 경우 이런 Met 이 deletion 이 일어날수 있음을 소개하는 자료도 함께 링크자료로 제공합니다. 재조합 단백질을 E.coli 와 같은 원핵 세포주에서 발현하시는 분들에게나 N-terminal sequencing 분석 전에 참고할만한 자료입니다. * 참고문헌 링크 : Removal of N-terminal methionine from recombinant proteins by engineered E. coli methionine aminopept..