설계된(designed) 단백질을 보통은 재조합 단백질(recombinant protein)이라고 지칭하며 이 단백질의 발현/정제가 완료된 단계 이후는 단백질 특성 분석을 수행하여 각각의 특성에 맞는 항목별 시험분석결과서를 얻게되는 단계가 필수적인다. 이때, formulation 단백질에 대한 구조 분석 항목 중 구성 아미노산에 따른 분자량이 이론적으로 예상되는 분자량과 실제 발현/정제된 단백질의 분자량 측정값의 상동성의 여부 확인을 통해 단백질의 제형이 맞게 생산되었는지를 입증하는 시험법으로 알려져있다.
대부분 의약품 단백질의 경우 glycoprotein 이 높은 비율로 차지하고 이들 단백질에 대한 분자량 확인은 보통 glycoprotein 형태일때의 분자량과 glycan 을 제거후 순수 아미노산으로 구성된 단백질의 분자량 확인은 필수이며 이때 두 분자량값의 차이를 비교하여 glycan 의 분자량 분포 및 다양성 또는 아미노산으로 구성된 polypeptide chain 조건에서의 분자량 다양성도 분석한 결과를 도출하는것을 원칙으로 한다.
그 외에 단백질이 momoner 구조가 아닌 oligomer 구조가 native form 으로 갖출때 추가적으로 native 분자량과 환원 조건의 분자량 측정을 통해 oligomer 구조 특성도 입증해야 한다.
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